MerkurIS obsahuje veľmi silný nástroj na vyhľadávanie dokladov. Výberom parametru a zadaním hodnoty sa zoznam dokladov filtruje a zobrazia sa iba tie, ktoré vyhovujú filtru:
Zvolený filter je možné uzamknúť a pridať k nemu ďalší filter. Týmto spôsobom je možné filtre kombinovať. Na nasledujúcom obrázku vidíme filtrované a zobrazené iba tie dokumenty, kde Dovozca obsahuje text "david" a súčasne LRN obsahuje číslo "98":